| 科名番号 | 和名 | 学名 | 科名 | Family | 写真 |
| 171207070 | ヤエムグラ | Galium spurium L. var. echinospermon (Wallr.) Hayek | アカネ | Rubiaceae | |
| 171123060 | ヤグルマソウ | Rodgersia podophylla A.Gray | ユキノシタ | Saxifragaceae | |
| 171208090 | ヤグルマハッカ | Monarda fistulosa L.* | シソ | Labiatae | |
| 171211010 | ヤチシャジン | Adenophora palustris Komar. | キキョウ | Campanulaceae | |
| 172110010 | ヤツガシライモ | サトイモ | Araceae | ||
| 171137060 | ヤツデ | Fatsia japonica Decne. et Pl. | ウコギ | Araliaceae | |
| 171112010 | ヤナギタデ | Persicaria hydropiper (L.) Spach. | タデ | Polygonaceae | |
| 171112010 | ヤノネグサ | Persicaria nipponensis (Makino) H.Gross | タデ | Polygonaceae | |
| 155401128 | ヤノネシダ | Neocheiropteris subhastata Tagawa | ウラボシ | Polypodiaceae | |
| 171132040 | ヤノネボンテンカ | Pavonia hastata Cav.* | アオイ | Malvaceae | |
| 171123180 | ヤハズエンドウ | Vicia angustifolia L. | マメ | Leguminosae | photo1 |
| 171123180 | ヤハズソウ | Kummerowia striata (Thunb.) Schindl. | マメ | Leguminosae | |
| 171210010 | ヤブウツギ+タニウツギの雑種 | Weigela | スイカズラ | Caprifoliaceae | |
| 171131020 | ヤブガラシ | Cayratia japonica (Thunb.) Gagn. | ブドウ | Ampelideae | |
| 172103010 | ヤブカンゾウ | Hemerocallis fulva L. var. kwanso Regel | ユリ | Liliaceae | |
| 171203020 | ヤブコウジ | Ardisia japonica Bl. | ヤブコウジ | Ardisiaceae | |
| 171137070 | ヤブジラミ | Torilis japonica (Houtt.) DC. | セリ | Apiaceae | |
| 155401123 | ヤブソテツ | Cyrtomium fortunei J.Sm. | オシダ | Dryopteridaceae | |
| 171119110 | ヤブツバキ | Camellia japonica L. | ツバキ | Camelliaceae | photo1 |
| 171210010 | ヤブデマリ | Viburnum plicatum Thunb. var. tomentosum Miq. | スイカズラ | Caprifoliaceae | |
| 171115036 | ヤブニッケイ | Cinnamomum japonicum Sieb. ex Nakai | クスノキ | Lauraceae | |
| 171123180 | ヤブハギ | Desmodium podocarpum DC. var. mandshuricum Maxim. | マメ | Leguminosae | |
| 171107050 | ヤブマオ | Boehmeria japonica Miq. var. longispica Yahara | イラクサ | Urticaceae | photo1 |
| 171123180 | ヤブマメ | Amphicarpaea edgeworthii Benth. var. japonica Oliv. | マメ | Leguminosae | photo1 photo2 |
| 172106010 | ヤブミョウガ | Pollia japonica Thunb. | ツユクサ | Commelinaceae | |
| 172103010 | ヤブラン | Liriope muscari (Decne.) L.H.Bailey | ユリ | Liliaceae | |
| 171126080 | ヤマアイ | Mercurialis leiocarpa Sieb. et Zucc. | トウダイグサ | Euphorbiaceae | |
| 172112010 | ヤマイ | Fimbristylis subbispicata Nees et Mey. | カヤツリグサ | Cyperaceae | |
| 171128020 | ヤマウルシ | Rhus trichocarpa Miq. | ウルシ | Anacardiaceae | |
| 171115036 | ヤマコウバシ | Lindera glauca Bl. | クスノキ | Lauraceae | |
| 171123140 | ヤマザクラ | Prunus jamasakura Sieb. ex Koidz. | バラ | Rosaceae | |
| 171123140 | ヤマザクラ? | Prunus cf. | バラ | Rosaceae | |
| 171211080 | ヤマシロギク | Aster semiamplexicaulis Makino | キク | Asteraceae | |
| 171137070 | ヤマゼリ | Ostericum sieboldii Nakai | セリ | Apiaceae | |
| 171202030 | ヤマツツジ | Rhododendron obtusum Planch. var. kaempferi Wils. | ツツジ | Ericaceae | photo1 |
| 171206010 | ヤマトレンギョウ | Forsythia japonica Makino | モクセイ | Oleaceae | |
| 172107010 | ヤマヌカボ | Agrostis clavata Trin. | イネ | Gramineae | |
| 172103110 | ヤマノイモ | Dioscorea japonica Thunb. | ヤマノイモ | Dioscoreaceae | |
| 171128020 | ヤマハゼ | Rhus sylvestris Sieb. et Zucc. | ウルシ | Anacardiaceae | |
| 171123140 | ヤマブキショウマ | Aruncus dioicus Fern. var. tenuifolius Hara | バラ | Rosaceae | |
| 171131020 | ヤマブドウ | Vitis coignetiae Pulliat ex Planch. | ブドウ | Ampelideae | |
| 171137040 | ヤマボウシ | Benthamidia japonica Hara | ミズキ | Cornaceae | |
| 171128030 | ヤマモミジ | Acer palmatum Thunb. var. matumurae Makino | カエデ | Aceraceae | |
| 171102010 | ヤマモモ | Myrica rubra Sieb. et Zucc. | ヤマモモ | Myricaceae | photo1 |
| 155401123 | ヤマヤブソテツ | Cyrtomium fortunei var. clivicola | オシダ | Dryopteridaceae | |
| 172103010 | ヤマユリ | Lilium auratum Lindl. | ユリ | Liliaceae | |
| 172103010 | ヤマラッキョウ | Allium thunbergii G.Don | ユリ | Liliaceae | |
| 155401124 | ヤワラシダ | Thelypteris laxa Ching | ヒメシダ | Thelypteridaceae | |
| 171136120 | ユウゲショウ | Oenothera rosea Ait.* | アカバナ | Onagraceae | |
| 172103010 | ユウスゲ | Hemerocallis vespertina Hara | ユリ | Liliaceae | photo1 photo2 |
| 171123060 | ユキノシタ | Saxifraga stolonifera Meerb. | ユキノシタ | Saxifragaceae | |
| 172110010 | ユキモチソウ | Arisaema sikokianum Fr. et Sav. | サトイモ | Araceae | |
| 171123140 | ユキヤナギ | Spiraea thunbergii Sieb. ex Bl. | バラ | Rosaceae | photo1 |
| 171115010 | ユリノキ | Liriodendron tulipifera L. | モクレン | Magnoliaceae | |
| 171211080 | ヨメナ | Kalimeris yomena Kitam. | キク | Asteraceae | |
| 171211080 | ヨモギ | Artemisia princeps Pampan | キク | Asteraceae |